附属兽医院创办于1954年。经过不断地改革、创新和发展，兽医院已成为集教学、科研和服务于一体的功能较为齐全的综合型兽医院。兽医院以动物医学实验室和家禽疫病防控监测安徽省重点实验室为依托，拥有梯度PCR仪、凝胶成像系统、荧光分光光度计、半自动生化分析仪，骨密度测定仪、高速冷冻离心机、紫外分光光度计、倒置显微镜、实时荧光定量PCR仪、超声波破碎仪、高速冷冻离心机、Leica冷冻切片机、轮转石蜡切片机和超低温冰箱等先进仪器设备300多台件，实验仪器设备总值达800万元。兽医院现设有小动物门诊、畜禽群发病门诊、疫病检测与化验等。兽医院现有专家、教授等工作人员20余人。诊治动物包括：猪、马、牛、羊、鸡、鸭、鹅、犬、猫、鹿、鸽、鹌鹑等。兽医院每年都接纳动物科学专业、动物医学专业本科生进行临床诊疗技术实习，实习实训的内容主要包括兽医内科学、兽医外科学、兽医产科学、兽医传染病学、兽医寄生虫病学、兽医微生物学和兽医临床诊断学等。50多年来，通过兽医院培养的学生已有8000多名。兽医院常年对企业和养殖户开展诊疗技术服务和培训，服务范围已辐射到安徽省绝大部分地区。附属兽医院已成为皖北地区动物疫病临床诊疗与防控中心。